El lugar conocido como Melgar fue habitado en periodos precolombinos por los "Panches", pero este lugar luego fue conquistado por Hernán Peréz de Quesada, Hernán Vanegas Carrillo y Baltazar Maldonado en donde fundaron el primer asentamiento conocido como Cualamana, que luego paso a llamarse Villa de Nuestra Señora de Altagracia y que finalmente en 1601 se llamó La Candelaría por el capitán Juan Lopez de Herrera.

En el momento en que se celebraban las fiestas religiosas del lugar, la ciudad enciende en llamas. Fue reedificado por los padres Dominicos en terrenos de los señores Cardenas Varastegui en 1789 a orillas del Sumapaz. En comienzo de la conquista se le llamo "Valle de Melgar", su primer evangelizador fue Fray Pero Garcia Matamoros. En 1824 hacia parte del departamento de Cundinamarca, cantón de Fusagasugá, junto con Tibacuy, Pasca, Pandi y Cunday. Para 1843 poseía 2.802 habitantes; en 1851, 2.600, siendo los tiempos en que la principal actividad económica era la extracción de la quina, era entonces una "aldea de bahareque y paja, con una Iglesia, una capilla y una plaza, sin trazas de industria y en medio de una llanura inculta". Seguía haciendo parte de Cundinamarca. 

En el año de 1855, junto con Cunday y el Carmen de Apicalá entró a formar parte de la Provincia de Neiva. Ya desde entonces, sin haber ingresado el "boom" cafetero, que comenzaría por 1870, Melgar producía una cantidad importante de Café junto con Fusagasugá. En 1871 por decreto del 13 de noviembre es elevado a la categoría de municipio a partir del 1 de enero de 1882. Luego de la creación del estado soberano del Tolima paso a ser parte integramente de ese departamento. 

Le toca en suerte vivir en carne propia los rigores de las luchas agrarias de los años 30 aunque no tan fuerte como en Viotá o Cunday por ejemplo. Lo anterior debido al acaparamiento de tierras por parte de unos pocos mientras que la clase trabajadora y popular pedía tierras y no eran oídos por las instancias regulares. Luego por medio de Ley en 1932 es elevado a Cabecera del circuito Notarial y judicial. Actualmente con el nombre de Melgar, cuenta con una población de 31920 habitantes y es un importante centro turístico y de recreación del país, junto a la ciudad de Girardot.